Forschungsfelder

Unser Ziel ist, neuartige Rechenmethoden und Algorithmen zu entwickeln, ohne welche viele Probleme in der modernen Biologie nicht gelöst werden könnten. Wir verfolgen einen Ansatz, in dem biologische Fragen die Entwicklung von neuartigen Rechenverfahren inspirieren. Dann entwickeln sich Theorie, Algorithmen, Software und die biologische Anwendung. Wir konzentrieren uns nach Bedarf auf Verfahren für:

• Adaptive numerische Simulation mit Partikeln
• Bio-Bildverarbeitung mittels Partikelverfahren
• Paralleles Hochleistungsrechnen für Partikelverfahren
• Algorithmen für Black-box Optimierung und Sensitivitätsanalyse

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Research fields

We aim at addressing significant biological challenges using novel computational methods and algorithms, without which the problem could not be solved. We follow a co-design approach where the biological question inspires the development of novel computational methods. Theory, Algorithms, Software, and the biological Application then co-evolve. We focus on the following methods as required in image-based systems biology:

• Adaptive Multi-Resolution Simulation Methods Using Particles
• Bio-Image Processing using Particle Methods
• Parallel High-Performance Computing for Particle Methods
• Algorithms for Black-box Optimization and Sensitivity Analysis